2世帯住宅でお子さんと同居されている場合、親としては住んでいる家を同居のお子さんに相続させたいと望まれるでしょう。
また、土地は親の名義、家は同居のお子さん名義というようなケースもよくありますが、この場合も土地は同居のお子さんに相続させたいと思われるでしょう。

お子さんがお一人であれば問題ありませんが、他にもお子さんがいる場合は簡単ではありません。
同居している子からすれば、同居して親の面倒をみているので家を自分が相続するのは当然と思うかもしれませんが、他の子供からすると家賃も払わず親の家に住み、同居していることで何かと金銭的援助も受けていながら、こちらには何の遺産分配もなく家を丸々相続するのはムシがよいと思っているかもしれません。

やり方を間違えれば兄弟姉妹間で遺産をめぐり争い合うことになり、場合によっては2世帯住宅を失うことにもなりかねません。

ご自身が築いた財産が残されたご家族の争いになることは、回避しなければいけません。
しっかり準備をして事前に争いの元を消しておくことが重要になります。

親名義の２世帯住宅の相続方法

家族構成：
父・母・同居の長男家族（妻、子）。家、土地は父名義。父母には他に嫁いでいる長女がいる。
父は自分が死んだ後、2世帯住宅に妻と長男家族がそのまま住んで妻の面倒をみてもらいたいと思っている。

遺言書で相続させる

父が遺言書を残していれば内容通りに相続することになります。
ただし、遺言書があっても、形式が法律要件を満たしていなかったり、作成当時の意思能力の有無を争点にされる場合があるので、極力争点になりそうな問題を残さないように公正証書による遺言書の作成をおススメします。

また、遺産の大部分が2世帯住宅であれば、その不動産を同居の長男に相続させると長女の遺留分（最低限の遺産を相続できる権利＝法定相続分の半分）を侵害するおそれがあります。
遺留分は必ず渡さなければならないものではありませんが、請求されれば渡さなくてはいけません。
請求されて支払うお金がなければ、最悪、2世帯住宅を売却して渡すことになってしまいます。
よって、請求された場合に備えて予め手当しておくことが大切です。

具体的には、遺留分相当額の遺産（現金・預貯金等）を貯めておいて、それを長女に相続させるようにしたり、2世帯住宅を相続する長男を生命保険の受取人して、保険金から長女に遺留分相当額を支払うようにしておくことが考えられます。

配偶者がいる時の遺言書

父が2世帯住宅の相続方法として、
・家を母と長男の2人に共同相続させる。
・長男に全部を相続させる。
この2通りが考えらます。

妻と長男の共有として相続させる場合：
母及び長男へ共同相続させた場合、母が亡くなられたときに長男への相続が生じます。
父⇒母及び長男への相続を1次相続、母⇒長男への相続を2次相続と言います。
2次相続では長女も母の相続人なので、母の持分を全部長男に相続させるには再度長女の遺留分対策が必要になります。

また、相続税についても検討が必要です。
1次相続に比べて2次相続は法定相続人の数が少なくなります。
法定相続人が少なくなると相続税の非課税額が小さくなります。
同様に生命保険金に関しても法定相続人が少なくなれば非課税額が小さくなります。

※配偶者に関しては、法定相続分又は1億6,000万円まで非課税となります。これを利用して1次相続で配偶者の相続分を多くすると、2次相続で相続税が高くなる場合もあるので、どのような割合で相続させるか検討が必要です。

長男に全部相続させる場合：
父⇒長男に2世帯住宅を相続させた場合でも、母も法定相続人の数に入るので相続税の控除額はフルに利用できます。
母としては自分が共有者になったら、自分が死んだときに相続問題が生じるかもしれないし、いずれ長男のものになるのだから自分を介さずに直接長男に相続させた方が良いと考える方もいらっしゃいます。
※同居の子供が家を相続する場合、一定の要件を満たせば宅地について「小規模宅地等の特例」として土地の課税評価額が80％軽減されます。

それはそれで良いのですが、その選択が万が一起こるかもしれないことで、自分の老後に大きく影響してしまうかもしれないという事を知っておくことも大切です。

長男の単独相続の問題点

2世帯住宅を父から同居の長男に全部相続させた後、考えたくないことですが、長男が病気で、または不慮の事故で母より先に亡くなった場合、深刻な問題になるおそれがあります。

長男夫婦に子がいなければ母も相続人となり、法定相続分として家の3分の1の持分を取得できるので、そのまま2世帯住宅に住み続ける法的権利を得ます。
しかし、長男夫婦に子がいれば、相続人は妻と子になり、母には相続権はありません。
結果、2世帯住宅は長男の妻と子の名義になりますが、実質、長男の妻の家になると考えて良いでしょう。

長男が亡くなった後も一緒に住み続ける母としては複雑な心境になると思います。
ましてや、長男の妻が将来的に再婚をするかもしれないと考えれば不安も増すでしょう。

どのように2世帯住宅を子供に相続させるかは遺言者の考えになりますが、上記のようなことを知った上で検討することも大切です。

遺言書がない

遺言書がなければ、相続人全員（母、長男、長女）で協議して決めることになります。
長男が2世帯住宅を相続するには、長女に了承してもらう（遺産分割協議書に実印を押してもらう）ことが必要になります。
もめるかもめないかは、相続人次第ということになります。

長女が長男が単独で2世帯住宅を相続することに反対し、法定相続分である4分の1を主張している場合、もめるのを避けて長女に持分4分の1を渡して共有で相続する、というようなことは全くおススメできません。
単なる問題の先送りで、必ずと言っていいほど先々でもめることになります。

このような場合、4分の1相当額のお金を工面して長女に渡すことが最善です。
工面できるまでは家の相続登記はひとまず保留するということも一つの方法です。

相続時精算課税制度による生前相続

ある意味究極の相続方法と言えるのが、相続時精算課税制度です。
この制度は、自身が生きているうちに2世帯住宅を長男（又は妻と長男）に相続させる方法です。
生前葬・・ならぬ「生前相続」と言えます。

自分の生存中に2世帯住宅の名義を長男に変更します。
通常であれば、この行為は「贈与」になるので高額な贈与税が課せられることになりますが、事前に相続時精算課税制度の利用を税務署に申出すれば、2,500万円までは贈与税がかかりません。
最終的に名義人であった父が亡くなられたときに相続税を支払うことになります。

実際に相続が発生したときは、既に2世帯住宅の名義は長男名義になっているので、少なくとも名義変更でもめることはありません。

ただし、2世帯住宅も相続財産であり遺留分の対象となるので、遺留分対策が必要になります。
遺留分を請求された場合、相当額を金銭で支払うことになります。
なければ借入するか、分割での支払いをお願いすることも考えましょう。

最後に

身内だから分かってくれるだろう、という考え方は否定しません。
長男家族が母の面倒をみてくれるので、他の子供たちが２世帯住宅に対して相続の権利を主張することは多くはないでしょうし、相続手続きも問題なく済むでしょう。

しかし、親子間で、兄弟姉妹間でドロ沼の相続争いになってしまうケースが少なくないのも現実です。
令和2年4月から「配偶者居住権」という制度が新たに創設されました。
この制度を簡単に言えば、夫が亡くなっても妻が夫名義の家から追い出されないようにする制度です。
何故、この制度が新設されたか？
相続財産の大部分が家で妻以外の子供等の他の相続人が強硬に法定相続分や遺留分を主張した場合、それを支払うには家を処分するしかなく、結果、妻は住む家を失うことになります。
そして、このようなケースが実際に多くなり、国はその対策としてこの制度を民法に新設しました。

兄弟姉妹もそれぞれ家族を持てば、それぞれにいろいろな事情を抱えることになります。
仲の良い兄弟、姉妹であっても、その配偶者（夫又は妻）、その子供たちの意見も反映され、その時の各家族の経済状況も加わって、相続でもめてしまうことになってしまいます。

相続人間が相続をめぐって争い合う余地を残さないためにも、しっかりとした事前準備が必要です。